Enzersdorf gehörte bis 1783 zur Pfarre Eggendorf im Thale. In den Jahrhunderten davor gab es immer wieder Auseinandersetzungen und Bestrebungen der Herrschaftsinhaber von Enzersdorf, den größeren Ort und bedeutenden Herrschaftssitz, der auch das Marktrecht und Gericht inne hatte, als eigenständige Pfarre zu etablieren.
Anfänge. Historiker vermuten, dass es in Enzersdorf seit dem 12. Jahrhundert eine Kapelle und seit dem 14. Jahrhundert eine Kirche aus Holz gab. Daneben bestand wohl eine Kapelle in der Burganlage, die vermutlich im 10. oder 11. Jahrhundert erstmals erbaut wurde. Zumal die Enzersdorfer Burg unter anderem in den beiden Türkenkriegen abbrannte, gingen die dortigen Aufzeichnungen verloren. Wir wissen daher oft nur durch andere historische Quellen über die geschichtliche Entwicklung Bescheid.
Kirchenneubau I. 1529 wird jedenfalls eine Kirche in den Quellen genannt. Um 1535 wurde sie durch Veit († 1539) und seine Frau Barbara von Enzersdorf († 1570) völlig neu gebaut. Unter der Kirche befand sich eine Gruft, in der zumindest diese beiden begraben wurden. Ihre Grabsteine sind bis heute erhalten. Sie befinden sich in der heutigen Kirche, die in etwa an der Stelle der alten Kirche erbaut wurde. – Ebenso wie ein Marmor-Taufstein mit dem zusätzlichen Wappen der Barbara von Enzersdorf (rechts; links ist das Wappen der Herren von Enzersdorf zu sehen) und den Initialen des Veit von Enzersdorf (VVE) aus dem Jahr 1535.
Die damalige Kirche war mit dem Begräbnisrecht ausgestattet. 1544 wird ein eigener katholischer Pfarrer für Enzersdorf erwähnt.
Protestantische Pfarre. Wolf Christoph († 1598), letzter Ritter von Enzersdorf und Berater des Kaisers, war eifriger Anhänger der Reformation. Von 1572 bis 1627 wurde Enzersdorf unter ihm zur protestantischen Pfarre (mit Kleinkadolz und Patzenthal) mit einem Lutheraner als Pfarrer. Einer von ihnen - Michael Grünberger - war hier bis zum Jahr 1596 rund 20 Jahre lang Prediger und widmete sein „Erempel“-Buch u. a. Wolf Christoph und seiner Gemahlin. In den Jahren 1571 und 1580 fanden im so genannten Pragerhof (Haus Ernstbrunner Straße Nr. 13) lutheranische Synoden für das Weinviertel statt, zu der auch Pastoren aus Deutschland anreisten.
Re-Katholisierung. Parallel dazu gab es ab 1604 eine Auseinandersetzung der Pfarre Eggendorf mit den Herrschaftsinhabern von Enzersdorf über die Rückgliederung der drei Orte zur katholischen Pfarre Eggendorf. 1627 kam Enzersdorf wieder zu Eggendorf. Die Herrschaft argumentierte damals vergeblich, dass das Schottenstift zum Kirchenbau nichts beigetragen habe. Und auch die Versicherung, einen katholischen Pfarrer installieren zu wollen, brachte ihr keinen Erfolg, Enzersdorf als eigentständige katholische Pfarre zu führen.
1686 wird festgestellt, dass die Kirche Eggendorf keine Einkünfte aus Enzersdorf hat. - Der Gottesdienst wurde von der Eggendorfer Pfarrgeistlichkeit versehen.
1723 und 1737 schloss der Pfarrer von Eggendorf mit den Gemeinden Enzersdorf und Kleinkadolz bezüglich des regelmäßigen Gottesdienstes und aller liturgischen Verrichtungen Verträge, die bis 1783 pünktlich eingehalten wurden. Er wurde zwischen den Orten hin- und hergeführt. Zur Besorgung des Fuhrwerkes bzw. zur Entsendung von Pferden war der Bauer und Fleischauer auf Haus Nr. 3 in Enzersdorf verpflichtet. Er war dafür vom Naturalzehent und von der Robot befreit.
Erhebung zur Pfarre. Mit Hofdekret vom 20. Juli 1783 wurde Enzersdorf im Thale schließlich zur Lokalkaplanei erhoben, am 25. November dieses Jahres zur Pfarre. Zum Sprengel gehören Kleinkadolz, seit 1832 Ödenkirchenwald (Gemeinde Gnadendorf, Bezirk Mistelbach) und seit 1881 aus der Pfarre Herzogbirbaum herausgelöst Schloss Glaswein (Gemeinde Großmugl, Bezirk Korneuburg). Die Pfarre gehört nach wie vor zum Wiener Schottenstift.
Klosterbau. 1864 erfolgte der Klosterbau mit Kapelle samt Einrichtung einer zweiklassigen Mädchen-Volksschule und eines neuen Kindergartens (zuvor im Schloss untergebracht). Den Unterricht führten Schulschwestern vom Orden (III.) des heiligen Franziskus Seraphikus (1845 in Wien III., Apostelgasse, gegründet). 1938 erfolgte die Schließung der Klosterschule mit Beginn des Nationalsozialismus.
Kirchenneubau II. 1895 bis 1897 erfolgte der Bau der vergleichsweise riesigen, neugotischen Pfarrkirche St. Markus unter Josef Schmalzhofer. Unter seiner Leitung und teilweise nach seinen Entwürfen entstanden in den Jahrzehnten vor dem Ersten Weltkrieg zahlreiche Kirchengebäude in Wien und in der Donaumonarchie in Stilformen des Historismus. Die Orgel wurde 1899 von Franz Strommer geschaffen. Die alte Kirche galt als zu klein und feucht.
Im zweiten Weltkrieg wurde die Kirche wegen ihres großen Turmes und ihrer Aussichtsfunktion stark bombardiert, konnte aber nicht zerstört werden. Nach den Kriegswirren wurde der zuvor bunt ausgemalte Innenraum weiß gestrichen.
Die relativ große neugotische Kirche besitzt einen schönen Turm mit großen offenen Schallfenstern. Das Geläute besteht heute aus zwei Böhlerglocken von 1921 und einer im Weinviertel sehr seltenen, wenn nicht sogar einzigartigen Hamm und Hartner Glocke aus dem Jahre 1951.
Pfarrheim-Neubau. Nach dem Abriss des alten desolaten Pfarrheims (ursprünglich die Klosterküche) Anfang 2019 wurde ein rund 80 m² großer, lichtdurchfluteter Neubau errichtet. Parallel wurde die angrenzende ehemalige Klosterkapelle aus dem Jahr 1864 komplett saniert, in einen 80 m² großen Veranstaltungs- und Vortragssaal umgewandelt und mit dem Neubau verbunden. Im Dezember 2020 wurde das rund 400.000 Euro schwere Projekt fertig gestellt und in Betrieb genommen.
Quellen: Weichselbaum, Josef (1993): Heimatbuch von Enzersdorf/Th. und Kleinkadolz. Eigenverlag: Kleinkadolz
Fittner, Johann Walter (1999): Eggendorf im Thale. Sakralgeschichtlicher Abriß aus Anlaß der Hundertjahrfeier des Weihetages 1999. Eigenverlag: Eggendorf im Thale.
Pfarrkirche Enzersdorf im Thale: https://de.wikipedia.org/wiki/Pfarrkirche_ Enzersdorf_im_Thale; abgerufen am 15.11.2016.
Josef Schmalzhofer: https://de.wikipedia.org/wiki/Josef_Schmalzhofer, abgerufen am 15.11.2016.
Glockenbeschreibung durch „Pfundnerglocke“: https://www.youtube.com/watch?v=WWzOqlqtyWw